Publikationer etc av forskarskolans doktorander t o m 2008, sammanställning

Kommentarer om forskarskoledoktorandernas publicering:

• Ingen sampublicering överhuvudtaget mellan doktorander, vilket var under vad jag förväntat.
• Bara en av de sex SAB professorerna förekommer i publiceringen, medverkan med SAB-professorerna är lägre än jag förväntat.
• Sampublicering mellan genetiker och växtfysiologer saknas, vilket var sämre än vad jag förväntat mig.
• Någon av de biträdande handledarna till den aktuella doktoranden förekom i publiceringen i fyra fall och saknades i fyra fall. Denna siffra kan förväntas öka när publiceringen ökar. Det förefaller ha viss – men måttlig - effekt på sampublicering att vara biträdande handledare.
• Jag tittade på om det fanns uppsatser utan handledaren, vilket jag tycker är ett tecken på självständighet hos doktoranden och skulle förväntat några stycken, men fann inte många, men materialet inte är moget för kommentarer än.
• Tio doktorander har producerat 21 ”artiklar i vetenskapliga tidskrifter” (incl submitted), av vilka kanske 16 kommer in i avhandlingar, på kanske 38 doktorandår. Verkar något under förväntan.  En jämförelse är att medianen av professorerna vid gen/fys har medverkat i 42 artiklar under tio år (med spännvidden 12-62), dvs ungefär 8 ggr så många som en doktorand per arbetsår. Den handledare till en doktorand i forskarskolan som publicerat mest har sedan 2004 publicerat 63 artiklar, dvs tre ggr så många som alla forskarskolans tio doktorander tillsammans tidsperioden sedan forskarskolan drog igång.
• Doktoranderna har dessutom producerat 6 andra dokument (proceedings, rapport, bokkapitel).
• De enskilda doktoranderna har mellan 0 och 6 artiklar. Det är 4 av 10 som har mer än 1. Tre har ingen.
• Fyra av doktoranderna har en publicerad artikel som förstaförfattare och tar men med submitted så blir det fem.
• Tre av doktoranderna förefaller disputationsmogna, det kommer ganska säkert minst tre disputationer innan 2009 är slut. Huvuddelen av doktoranderna kan förutses disputera innan de fem årens lön som doktorand är slut.
• Mitt intryck är att några av doktoranderna kan få svårigheter att bli klara med en anständig avhandlingen innan lönen är slut.
• Arter - när de anges i uppsatsens titel - fördelar sig enligt följande: tall 9, aspar 6, olika granarter 4, och arabidopsis 1.
• Alla utom en har rapporterat till forskarskolans web de senaste tre åren, 7 har gjort det sista året. Mindre än hälften av SLU-doktoranderna har registrerat sin publicering på sätt som föreskrivits av KoN.
• Alla publikationer är inte avsedda för avhandlingen, men jag kan inte dra gränsen och i en del fall är den inte bestämd.
• Antalet konferenser doktoranderna deltog i var betydligt större än antalet dokument, konferensdeltagande förefaller högre prioriterat än dokumentförfattande.
• Publicering kan vara ett underlag för att stimulera diskussion i individuella handledargrupper och för bedömande om förutsättningar för lönelyft föreligger.

Doktorsexamen: (från UPSC web)
För skoglig, filosofie eller teknologie doktorsexamen (Etapp II) skall den studerande författa en vetenskaplig avhandling. Avhandlingen skall baseras på självständigt forskningsarbete och innehålla nya forskningsresultat av betydelse för utvecklingen av ämnesområdet. En sammanläggningsavhandling bör omfatta motsvarande minst tre vetenskapliga artiklar varav minst två bör vara publicerade, vidare bör doktoranden vara förstanamn på minst två arbeten.

Kraven varierar lite men det här är ganska typiskt. Observera att det står minst och att nästan alla doktorander klarar sig, medianerna ligger nog ett steg över. Det finns förvånansvärt lite statistik men nog borde medianen vara en artikel i Web of Science efter 65% av tiden, statistiken motsäger inte att forskarskolan uppfyller detta och ger ingen anledning att tro att forskarskolan ligger under vad som är typiskt och förväntat. Å andra sidan verkar det inte som att medianen för forskarskolan ligger avsevärt högre än vad som är typiskt. Doktoranderna medverkar också i uppsatser som av olika anledningar inte kommer med i avhandlingen (ibland är det industripraktik).Fyra av tio av forskarskolans studenter presenterade en tryckt artikel med doktoranden som första namn, vilket nog kan ses som ett krav på en ingrediens i en invändningsfri avhandlingNedan följer en korrigerad lista på de uppsatser som är åtminstonde submitted som doktoranderna rapporterat till forskarskolan. Jag har strukit icke submitted (med undantag av den artikel som kommer i Jons avhandling och är submitted på det sättet) och dubletter. Sorterat i bokstavsordning efter doktorander. Kompletterat vad doktoranderna missat. 

Séguin, Armand, Krystyna Klimaszewska, Yill-Sung Park, Jenny Arnerup, Rosario Garcia-Gil, 2008. Spruce, In Kole, C. and Hall, T. C. (eds.), “Compendium of Transgenic Crop Plants: Transgenic Forest Tree Species”, Blackwell Publishing, Oxford, UK, 2008, pp 151-168

Berlin, M. & Sonesson, J. 2006. Grankloner ur mellansvenska klonskogsbruksprojektet. Genotypvärdering baserad på fältförsöken S22S9520253 Ålbrunna, S22S9520254 Gimo och S22S9520255 Grangärde. Avelsvärden nr 120. Stiftelsen Skogsbrukets Forskningsinstitut. Uppsala.

Berlin, M., Danell, Ö., Jansson, G., Andersson, B., Elfving, B. and Ericsson, T. Estimation of the economic value of genetic changes in tree survival as volume production equivalents I: Modelling approach. Scand. J. For. Res. (Submitted).

Berlin, M., Danell, Ö., Jansson, G., Andersson, B., Elfving, B. and Ericsson, T. Estimation of the economic value of genetic changes in tree survival as volume production equivalents II: A case study examining Pinus sylvestris L. in northern Sweden. Scand. J. For. Res. (Submitted)

Norin, L., S. M. Grach, T. B. Leyser, B. Thidé, E. N. Sergeev, and M. Berlin (2008), Ionospheric plasma density irregularities measured by stimulated electromagnetic emission, J. Geophys Res., 113, A09314, doi:10.1029/2008JA013338.

Susana Ubeda-Tomas, Ellinor Edvardsson, Cathlene Eland, Sunil Kumar Singh, Daniel Zadik, Henrik Aspeborg, Andràs Gorzsàs, Tuula T. Teeri, Björn Sundberg, Per Persson, Malcolm Bennett and Alan Marchant. 2007. Genomic assisted identification of genes involved in secondary growth in Arabidopsis utilizing transcript profiling of Poplar wood forming tissues. Physiologia Plantarum 129(2): 415-428.

Hall, D., Luquez, V., St. Onge, K.R., Garcia, M.V., Jansson, S. and Ingvarsson, P.K. 2007. Adaptive population differentiation in bud phenology across a latitudinal gradient in European aspen (Populus tremula, L., Salicaeae): a comparison of neutral markers, candidate genes and quantitative traits. Evolution 61: 2849-2860.

Ingvarsson, P.K., Garcia, M.V., Hall, D., Luques, V., & Jansson, S. 2006. Clinal variation in phyB2, a candidate gene for day-length induced growth cessation and bud set, across a latitudinal gradient in European aspen (Populus tremula). Genetics 172:1845-1853 

Ingvarsson PK., Garcia MV., Luquez V., Hall D., Jansson S. Nucleotide polyamorphism and phenotypic associations within and around the phytochrome B2 Locus in european aspen (Populus tremula, Salicaceae). Genetics 2008 178, 2217-2226  

Luquez V., Hall D, Albrectsen B. R., Karlsson J., Ingvarsson P., Jansson S. 2008. Natural phenological variation in aspen (Populus tremula): the SwAsp collection. Tree Genetics & Genomes 4: 279-292

Hall, D., Ma, X-F., Ingvarsson, PK., Molecular population genetics of adaptation in the photoperiodic pathway of Populus tremula. Resubmission. Molecular Biology and Evolution

Hallander, J and Waldmann, P 2007. The effect of non-additive genetic interactions on selection in multi-locus genetic models. Heredity 98: 349–359.

Waldmann P., Hallander J., Hoti F., Sillanpää M.J. 2008. Efficient Markov chain Monte Carlo implementation of bayesian analysis of additive and dominance genetic variances in noninbred pedigrees Genetics vol 179 1101-1112

Waldmann P., F. Hoti, J. Hallander and M.J. Sillanpää. Bayesian inference of additive and nonadditive genetic variances in non-inbred pedigrees. In prep.

Hallander J, Waldmann P. Optimum contribution selection in large general tree breeding populations with an application to Scots pine.  Theor Appl Genet (in press)

Hallingbäck H. R., Jansson G., Hannrup B. 2008 Genetic parameters for grain angle in 28-year-old Norway spruce progeny trials and their parent seed orchard. Ann. For. Sci. 65: 301-308

Kroon, J. & Persson, T. 2005. Plusträdskloner i plantage 412 Domsjöänget. Avelsvärdering baserad på fältförsöken: 262 Bratten, 263 Seltjärn, 264 Vindeln, & 265 Villvattnet. Avelsvärden 115:10, Skogforsk, Uppsala.

Kroon, J. & Andersson, B. 2005 Genetic differences in Scots pine height-diameter relationship. Abstract in: Status, monitoring and targets for breeding programs: Proceedings of the Meeting of Nordic Tree Breeders and Forest Geneticists (Syktyvkar, Komi Republic, Russia, September 13-15, 2005). Syktyvkar, 112 p.

Prescher, F., Lindgren, D., Wennström, U., Almqvist, C., Ruotsalainen, S. & Kroon, J. 2005. Seed production in Scots pine seed orchards. In: Fedorkov, A. (ed.). Status, monitoring and targets for breeding programs. Proceedings of the Meeting of Nordic Tree Breeders and Forest Geneticists, September 13-15, 2005, Syktyvkar, Russia. Russian Academy of Sciences, Komi Science Center, Institute of Biology. Syktyvkar. 65-71 p.

Kroon, J. & Rosvall, O. 2006. Förflyttningseffekter hos vit- och svartgran i norra Sverige [Transfer effects of white spruce and black spruce for possible regeneration in the north of Sweden]. Skogforsk, Redogörelse nr. 1, 40 s.

Kroon, J., Andersson, B., and Mullin T. J. 2008. Genetic variation in the diameter-height relationship in Scots pine (Pinus sylvestris). Can. J. For. Res. 38(6): 1493-1503.

Andersson, A. Elfving, B.  Persson, T.  Ericsson, T. & Kroon, J. 2007. Characteristics and development of improved Pinus sylvestris in northern Sweden. Can. J. For. Res. 37(1): 84–92

Prescher, F., Lindgren, D., Almqvist, C., Kroon, J., Lestander, T. & Mullin T. 2007. Female fertility variation in mature Pinus sylvestris clonal seed orchards. Scand. J. For. Res. 22: 280-289

Bilir, N., Prescher, F., Lindgren, D. & Kroon, J. 2008.Variation in seed related characters in clonal seed orchards of Pinus sylvestris.  New Forest 36: 187-199

Sonesson, J., Swedjemark, G., Almqvist, C., Jansson, G., Hannrup, B., Rosvall, O. and Kroon, J. 2007. Genetic variation in responses of Pinus sylvestris trees to natural infection by Gremeniella abietina. Scand. J. For. Res. 22:290-298

Kroon, J., Wennström U., Prescher, F., Lindgren, D., and Mullin, T. J. Estimation of clonal variation in seed cone production over time in a Scots pine (Pinus sylvestris L.) seed orchard. Silvae Genetica (in press).

Druart N, Johansson A, Baba K, Schrader J, Sjödin A, Bhalerao RR, Resman L, Trygg J, Moritz T, Bhalerao RP (2007). Environmental and hormonal regulation of the activity-dormancy cycle in the cambial meristem involves stage-specific modulation of transcriptional and metabolic networks. Plant J. 50: 557-573

Manuscript som angivits av doktoranden men ej inkluderats i analysen eftersom de inte är submitted

Senast editerat 09030101