Det här är material för sammanfattningar Johan och Dag
Hej Ola,
tack för inbjudan. Jag hjälper gärna till och skriver, fast efter den 23/1 då avhandlingen ska iväg. Hur som hellst hade jag ändå tänkt att dels hjälpa till med popsim-körningarna, samt dessutom börja titta mer på urvalet till Dag Lindgren fröplantagen i Brån tillsammans med Johan och Milan. Då kan vi diskutera mer hur/vad jag kan bidra med i skrivandet, men kanske framförallt att skriva om kvadratiska optimeringsmetoder både för urval till förädlingspop och fröplantager.
Vad som kan vara av intresse är att jag och Patrik är nära att få igenom en studie i TAG där vi har jämfört kvadratisk optimering och restricted truncation urval på F264 försöket (Vindeln) med gott resultat. Annars är det två studier till som fortfarande inte är klara så för tillfället är det fullt upp.
Gott nytt år!
Jon
From: Rosvall Ola [
mailto:Ola.Rosvall@skogforsk.se]Sent: den 29 december 2008 20:36
To: Jon Hallander
Hej Jon och Gott..............,
Vi skall försöka komma i mål med vår revision av förädlingsprogrammen på enklaste sätt. Vi följer arbetsplanen med 9 kapitel och de olika arbetsgrupperna som kapitelförfattare. Du har ju varit med i grupp 3 en hel del. Vi har sagt att vi borde göra en litteraturstudie på nya grejer om förädlingsstrtegier sedan förra planerna skrevs. Jag bad Dag fatta pennan. Han kom på den geniala idén att be Johan K och då kom jag på den geniala idén att involvera dig. Du har kanske samlat på dig en del och kanske sammanfattat det hela i avhandlingen, bara att planka. Förstår att du har minimalt med tid men du kan ju alltid läsa vad andra skriver. En inbjudan alltså, I bilagt pappir har jag kladdat dit en del och Dag har kommenterat Hur går rersan mot april?
Ola
Syftet med att jag föreslog att Johan skulle vara huvudförfattare var dels att det härigenom blir en faktisk förädlare och Skogforskare som tar ställning (för jag räknar Johan dit) och därigenom gentemot Skogforsk trovärdigare, dels att Johan nog är förädlare om tjugo år också och kommer att komma ihåg, dels att vi sas har etablerad kommunikation och dels för att jag tror att det gör honom till en skickligar yrkesman och jag har som handledare ansvar för hans forskarutbildning och detta kan ses som ett värdefullt inslag. Jag flåsar honom nog i nacken med mina pets, men jag tror han nu är stor nog för att ni skall ha förtroende för hans integritet trots detta. För Jon har jag ju inget mentorsansvar för hans utbildning, och stämningen vid UPSC är att jag inte skall lägga mig i andras grupper, Jon anses inte tillhöra vad jag skall intressera mig för. Jon skriver väl nu en avhandling och har inte tid just nu och det är ju bråttom. Sedan är det fröplantagen "Dag Lindgren" som skall hanteras på Finnvids praktiktid om Jon skulle få tid över. Av dessa skäl verkar det bäst att inte involvera Jon.
BRA TÄNKT MED KROON. JAG SER JON SOM EN FRAMTIDA RESURS OCH JAG HAR LAGT MYCKET TID PÅ HONOM OCH HAN ÄR SOM SAGT MYCKET INNE I STRATEGIERNA VIA POPSIM OCH HAR NOG EN DEL RELEVANT LITTERATUR I SINA DOKUMENT. DET SKULLE VARIT KROON SOM POPSIMMADE MEN HAN HANN INTE SÅ DÅ TOG VI JON SOM PRAKTIKANT PÅ SKOGFORSK MED KROON SOM PÅTITTARE. TROR ATT DE TVÅ SKULLE TYCKA DET VAR KONSTIGT ATT INTE DELTA BÅDA.
Dag
-----Original Message-----
From: Rosvall Ola [
mailto:Ola.Rosvall@skogforsk.se]Sent: den 29 december 2008 09:21
To: Dag Lindgren; Kroon Johan; Högberg Karl-Anders; Hajek Jörgen
Subject: RE: Emailing: Slutrapport arbetsfördelning grupp 3.doc
Hej och God fortsättning,
Bra förslag med Kroon. Vad sägs om att ha Jon med. Han är uppgraderad just nu och Kroon och Johan jobbbar ihop med POPSIM?
EXTAR PUNKT: VI HAR TALAT OM EN UPPDATERAD LITTERATURSTUDIE. HAR DAG EN SÅN? VI HAR GUNNARS, BJÖRNS OCH ÖJES UPPSATS. DAG OCH DARIUS HAR GAMLA OCH NYA RAPPORTER SOM OMFATTAR STRATEGI 4 OCH 5. BENGT HAR GJORT EN GENOMGÅNG AV EUROPAS FÖRÄDLINGSPRIOGRAM. NÅT FÖR DETTA AVSNITT? DAG
Ja, jag tycker att ett element i förädlingsrevisionen skall vara en dokumentation av relevant litteratur, dvs sådan som bedöms eventuellt kunna påverka de trädslagsvisa förädlingsplanterna, i detta dokument framförallt för tall, och som tillkommit sedan förra genomgången dvs ungefär 1992. Jag tyckte det var ynkligt när jag såg utkastet till granplanen med samma citeringar som 1993 års version. Rent tekniskt kan jag förstås göra det men erfarenhetsmässigt har vad jag gör för låg trovärdighet för förädlingen och nu kommer jag ju att försvinna också. Så en aktiv förädlare borde ha huvudansvaret. Därför föreslår jag istället ett dokument med författare Johan Kroon (huvudförfattare) och Dag Lindgren (medförfattare). Jävligt nyttigt för Johan! Jag skickar ett utdrag till honom med kopia till Ola får vi se reaktionen. Jag levererar ett underlagsmaterial drygt en vecka efter förfrågan.
Optimering genom "obalans". T.ex.:
· släktskap vid urval,
· urvalsintensitet (antal korsningar per utvald, familjestorlek, etc.),
· testsäkerhet (antal avkommor, rameter, korsningar etc. per utvald).
Rolling front.
DETTA AVSNITT KAN UTVECKLAS I ETT PRINCIPIELLT PERSPEKTIV. MIN TANKE VAR ATT VISA PÅ ALLA PRINCIPER FÖR OBALANS OCH DERAS EFFEKT PÅ DIVERSITETEN. OBALANS I SÄKERHET TEX., KOSTSR INGET I DIVERSITET. ROLLING FRONT BEHÖVER KANSKE EN EGEN RUBRIK. SKRIV INTE FÖR LÅNGT DAG
Rent tekniskt kan jag förstås göra det men erfarenhetsmässigt har vad jag gör för låg trovärdighet för förädlingen och nu kommer jag ju att försvinna också. Så en aktiv förädlare borde ha huvudansvaret. Därför föreslår jag istället ett dokument med författare Johan Kroon (huvudförfattare) och Dag Lindgren (medförfattare). Jävligt nyttigt för Johan! Huvudelen finns i Komiföredraget. Jag skickar ett utdrag till honom med kopia till Ola får vi se reaktionen. Jag levererar ett underlagsmaterial två veckor efter förfrågan. Jag önskar få reda på den exakta formen för slutdokumentet (tex ”Arbetsrapport Skogforsk 873, mall bifogas, Lindgren ….”).
"recepten" i Danusevecius och Lindgren (seminarier 2004), där det står mer, maximalt förenklat blir det (per förälder, multiplicera med 50 för fpop), även efter uppsatsen har modifikationer gjorts.
Tall:
Test tiderna kan vara avsevärt längre utan nämnvärd förlust.I huvudscenariot (Danusevicius och Lindgren 2002) befanns 15 för fenotyp och 20 för avkomma optimalt för huvudscenariot. De angivna rekommendationerna bygger på icke redovisade körningar och ytterligare överväganden
Dag Lindgren
Outprint 27 December 2008; file DAGL9308.doc; last edit 08-12-27
93-1 Bondesson F L & Lindgren D 1993. Optimal utilization of clones and genetic thinning of seed orchards. Silvae Genetica, 42:157-163.
93-8 Lindgren D 1993. Accelerated adaptation of trees at tree limits by selective breeding. In: Alden J, Mastrantonio, J L & qdum S (editors) “Forest development in cold climates”. Plenum Press, New York. pp 299-320. ISBN 0-306-44480-1.
93-9 Lindgren D 1993. Quantitative comparison between truncation selection and a better procedure. Hereditas 118:289-292.
93-10 Lindgren D 1993. The population biology of clonal deployment. In Ahuja MR and Libby WJ (editors) Clonal Forestry I. Genetics and Biotechnology. Springer-Verlag. Berlin Heidelberg. pp. 34-49.
93-12 Lindgren D & Karlsson B 1993. Cheaper improved Norway spruce seeds for Sweden. In Rone V (editor). Norway spruce provenances and breeding. Proceedings of IUFRO (S2.2-11) Symposium in Latvia, 14-18 September, 1993. Latvian Forestry Research Institute, Riga. Pp 224- 230.
93-13 Lindgren D, Wei RP and Bondesson FL. 1993. Optimal selection from families. Heredity 70:619-621.
94-8 Lindgren D. & Wei R-P. 1994. Gain versus effective number. Ed. Lee S. Proceedings - Nordic Group for Tree Breeding, Edinburgh 6-10 October 1993. 164-177. Note that the document is available in Wei, R-P (1995) PhD thesis.
94-11 Wei R-P & Lindgren D. 1994. Gain and Effective population size following selection based on an index. Forest Genetics 1:147-155.
95-10 Wei R-P & Lindgren D 1995. Optimal family contributions and a linear approximation. Theor Pop Biol. 48(3) 318-332.
96-3 Lindgren D, Gea LD, & Jefferson PA 1996. Loss of genetic diversity monitored by status number. Silvae Genetica, 45:52-59.
96-6 Wei R-P & Lindgren D 1996. Effective family number following selection with restrictions. Biometrics, 52:198-208.
97-2 Lindgren D, Gea LD, & Jefferson PA 1997. Status number for measuring genetic diversity. Forest Genetics 4(2) 69-76
97-3 Lindgren D & Kang KS. 1997. Status number - a useful tool for tree breeding Research Report of the Forest Genetic Research Institute of Korea 33:154-165.
97-5 Lindgren D & Mullin TJ 1997. Genetic variance within a full sib family. Swedish University of Agricultural Sciences. Department of Forest Genetics and Plant Physiology. Arbetsrapport 55:1-4.
97-6 Lindgren D & MullinTJ 1997. Balancing gain and relatedness in selection. Silvae Genetica. 46:124-129.
97-8 Lindgren D, Wei R-P & Lee S. 1997. How to calculate optimum family number when starting a breeding program. For. Sci. 43(2): 206-212.
97-9 Spanos K, Andersson EW & Lindgren D, 1997. Multigenerational comparison between restricted phenotypic and restricted combined index selection for gain and diversity. In: Kurm M and Tamm Y (editors), Conservation of Forest Genetic Resources. Nordic Group for Forest Genetics and Tree Breeding Meeting in Estonia June 3-7, 1996. Estonian Agricultural University, Tartu. SBN 9985-830-11-3. Forestry studies 28:86-100.
97-10 Wei R-P, Lindgren D & Yeh FC. 1997. Expected gain and status number following restricted individual and combined- index selection. Genome, 40:1-8.
97-11 Zheng YQ, Lindgren D, Rosvall O & Westin J. 1997. Combining genetic gain and diversity by considering average coancestry in clonal selection of Norway spruce. Theor Appl Genet 95:1312-1319.
98-1 Andersson EW, Lindgren D, Spanos KA, & MullinTJ 1998. Genetic diversity after one round of selection. Forest Tree Improvement 26:47-55.
98-2 Andersson EW, Spanos KA, MullinTJ & Lindgren D 1998, Phenotypic selection can be better than selection for breeding value. Scand. J. For. Res. 13:7-11.
98-3 Andersson EW, Spanos KA, MullinTJ & Lindgren D Phenotypic selection compared to restricted combined index selection for many generations. Silva Fennica, 32:111-120.
98-6 Gea LD, Lindgren D, Shelbourne CJA & Mullin TJ 1997. Complementing inbreeding coefficient information with status number: implications for structuring breeding populations. New Zealand Journal of Forestry Science 27(3):255-271 (as it become known too late, it still keeps the 98 number)
98-9 Lindgren D. 1998. Balansen mellan produktion och genetisk mångfald. (In Swedish) Skogsfakta, 7 1998.
98-10 Lindgren D & MullinTJ 1998. Relatedness and status number in seed orchard crops. Canadian Journal of Forest Research, 28:276-283.
98-13 Rosvall, O, Lindgren, D and Mullin, T.J.. 1998. Sustainability, robustness and efficiency of a multi-generation breeding strategy based on within-family clonal selection. Silvae Genetica, 47:307-321.
98-14 Ruotsalainen S & Lindgren D 1998. Predicting genetic gain of backward and forward selection in forest tree breeding Silvae Genetica. 47: 42-50.
98-15 Zheng YQ, Andersson EW & Lindgren D 1998. A model for infusion of unrelated material into a breeding population. Silvae Genetica: 47:94-101
99-8 Rosvall O, Lindgren D & Ruotsalainen S 1999. Högre vinst utan diversitetsförlust. (In Swedish). Föreningen skogsträdsförädling Årsbok 1998, pp 9-16.
00-5 Lindgren D & Ying CC 2000. A model integrating seed source adaptation and seed use. New Forest 20: (1) 87-104
00-6 Olsson T. Lindgren D. & Ericsson T. 2000. Group merit selection and restricted selection among full-sib progenies of Scots pine. Forest Genetics 7(2):137-144.
00-8 Ruotsalainen S & Lindgren D 2000 Stratified sublining: a new option for structuring breeding populations Canadian Journal of Forest Research. 30: (4) 596-604
01-12 Ruotsalainen S & Lindgren D 2001 Number of founders for a breeding population using variable parental contribution. Forest Genetics 8:59-68.
01-14 Wei, R.-P. & Lindgren, D 2001. Optimum breeding generation interval considering build-up of relatedness. Canadian Journal of Forest Research 31:722-729
2-01 Danusevičius D & Lindgren D 2002. Efficiency of Selection Based on Phenotype, Clone and Progeny Testing in Long-term Breeding. Silvae Genetica 51:19-26.
02-04 Danusevičius D & Lindgren D 2002. Two-stage selection strategies in tree breeding considering gain, diversity, time and cost. Forest Genetics. 9:145-157.
02-06 Kang, K.S., Lai, H.-L. & Lindgren, D. 2002. Using single family in reforestation: gene diversity concerns. Silvae Genetica 51: 65-72.
03-09 Rosvall O, Mullin TJ & Lindgren D 2003. Controlling parent contributions during positive assortative mating and selection increases gain in long-term forest tree breeding. Forest Genetics 10: 35-54.
04-02 Danusevičius D & Lindgren D 2004. Progeny testing preceded by phenotypic pre-selection - timing considerations. Silvae Genetica 53:20-26.
04-07 Lstibùrek M, Mullin T, Lindgren D, Rosvall O. 2004. Open-nucleus breeding strategies compared to population-wide positive assortative mating. I. Equal distribution of testing effort. TAG 109: 1196-1203.
04-08 Lstibùrek M, Mullin T, Lindgren D, Rosvall O. 2004. Open-nucleus breeding strategies compared to population-wide positive assortative mating. II. Unequal distribution of testing effort. TAG 109:1169-1177.
05-02 Danusevičius D & Lindgren D 2005. Optimisation of breeding population size for long-term breeding. Scandinavian Journal of Forest Research, 20:18-25.
5-03 Fedorkov A, Lindgren D, and David A. 2005. Genetic gain and gene diversity following thinning in a half-sib plantation. Silvae Genetica 54:185-189.
05-07 Lindgren D 2005. Unbalances in tree breeding. In Fedorkov A (editor) Status, monitoring and targets for breeding programs. Proceedings of the meeting of Nordic forest tree breeders and forest geneticists, Syktyvkar 2005, ISBN 5-89606-249-4: 45-56.
05-08 Lindgren D and Prescher F 2005. Optimal clone number for seed orchards with tested clones. Silvae Genetica 54: 80-92.
05-10 Mullin TJ Lstiburek M Rosvall O & Lindgren D 2005. Korsa utvalda träd i rangordning och låt dessutom de bästa få fler avkommor. Föreningen Skogsträdsförädling Årsbok 2004, pp 8-18. (In Swedish).
Ruotsalainen, S. 2002. Managing breeding stock in the initiation of a long-term tree breeding program. Finnish Forest Research Institute, Research Papers 875., 95 + 61 p.
Danusevičius D & Lindgren D. 2006. Optimization of long term breeding strategies for cyclic within family selection IUFRO 2.04.02 Breeding theory and progeny testing Newsletters 1:26.
Li H & Lindgren D. 2006. Comparison of phenotype and combined index selection at optimal breeding population size considering gain and gene diversity. Silvae Genetica:13-19.
Wei R-P & Lindgren D 2006. Stepwise Penalty Index Selection from populations with a hierarchical study. Silvae Genetica 55:62-70.
Lindgren, D & Wei RP 2007. Low-input tree breeding strategies. In Proceedings of the IUFRO Division 2 Joint Conference: Low Input Breeding and Conservation of Forest Genetic Resources: Antalya, Turkey, 9-13 October 2006. Edited by Fikret Isik. p 124-138.
Danusevicius D & Lindgren D 2008 "Strategies for optimal deployment of related clones into seed orchards" Silvae Genetica 57:119-127
Lindgren D, Danusevičius D & Rosvall O 2008. Balanced forest tree improvement can be enhanced by selecting among many parents but keeping balance among grandparents. Canadian Journal of Forest Research 38(11): 2797–2803.
Prescher F, Lindgren D & Karlsson B 2008. Genetic Thinning of Clonal Seed Orchards using Linear deployment may improve both gain and diversity. Forest Ecology and Management 254: 188-192.
Danusevicius D & Lindgren D 2009. Efficiency of breeding strategy where grandparents - but not parents - contribute equally to the breeding population. Submitted.